自动压滤机滤池在运行中出现的一些问题会影响滤池的正常运转，随着现在过滤技术的进步，这些问题都可以得到解决。
1：自动压滤机滤料表面堵塞和产生龟裂
这种现象通常发生在滤料表面的细颗粒滤料上。对于双层滤料和混合滤料不成问题，因为顶层滤料表面的孔隙比砂滤料大。但当双层滤料和混合滤料采用助滤剂过滤时，则也可能出现这种现象。此时应减少投药量，以允许颗粒渗入滤床深处。
2：由于絮凝物穿透滤床和高浊度的出水引起过滤周期缩短
由于混合滤料比砂滤料和双层滤料有更多的滤料颗粒表面积，40-80目的细颗粒滤料在混合滤料中占10%，40-50目的细颗粒滤料在砂滤料中占9%，40-50目的细颗粒滤料在双层滤料中占5%。自动压滤机混合滤料中最细颗粒的石榴石滤料不仅细小，而且位于滤料的底层所负担的过滤负荷轻，石榴石滤料可起到精滤作用。在细的颗粒滤料面上絮凝物的贮存深度，对砂滤料为0，对双层滤料为450毫米。对混合滤料则为675毫米。对于相同容积的滤床，混合滤料颗粒总数比其他滤料多，这就使滤料与水中的胶体接触机会多，因而大大提高了胶体的去除率。采用混合滤料可以防止絮凝物穿透滤床。
3：进水流量和水质变化导致出水水质变化
由于自动压滤机混合滤料比单层滤料和双层滤料的总表面积大。细滤料颗粒多、滤床底部孔隙小，所以采用混合滤料受进水的影响程度远比单层滤料和双层滤料小得多。另外可考虑在自动压滤机滤池前设置调节池。